Hijos no reconocidos por el padre

Hola, quisiera que algun abogado, me ayudara en mis dudas, tengo un hijo de 8 años, y cuando él nació mi ex pareja, cn quien vivía en ese momento, hizo todos los trámites el día de su nacimiento para pasarlo por el civil y tomarlo como Carga Familiar, por lo cual en su Certificado de Nacimiento aparecen los nombres de nosotros (los padres) y nuestros respectivos RUT. Actualmente estoy embarazada, pero cuando mi nueva pareja se enteró me diól a espalda, por no haberle tomado parecer y me dijo que no lo iba a reconocer. Yo trabajo y por lo mismo, mi hijo vá a ser futua carga mía. Mi duda es, que pasará cuando valla al Registro Civil a pasar a mi hijo, si no tengo el RUT de su padre, solo su fecha de nacimiento, y aún así, si consiguiera el Rut, ¿puedo ponerle su apellido aunque no haya sido reconocido? Habrá alguna diferencia entre el certificado de nacimiento de mi hijo mayor y mi futuro bebé? O en mi trabajo ¿todos van a enterarse que mi hijo no quiso ser reconocido por su padre? Por favor respondanme, se los agradecería muho.
Desde ya, gracias.:?:

Respecto a la pregunta de si le puedes poner el apellido. Si, puedes ponerle el apellido sin que el padre vaya a reconocerlo, pero en el certificado de nacimiento no saldra el padre. Sobre si puede quedar reconocido como el padre, sin que él vaya, no es posible. Ni sabiendo el rut de él. La ley chilena especifica que solo se puede reconocer la paternidad voluntariamente, o a través de in juicio por paternidad (donde habran exámenes de ADN, etc.) Espero haberte ayudado con la duda.